鱼缸过滤器的过滤结果看似复杂，其实就是通过物理材料将水里的有机物分解排除掉的过程，鱼缸过滤器的目的就是将分解清理掉水中对观赏鱼有害的物质，保持水体清澈，氧气充足，营造一个适合鱼儿生存的环境。
鱼缸过滤器主要包括物理过滤，生化过滤，化学过滤这几种，而物理过滤是最基本的，鱼缸过滤一般要包括以上两种方式，物理过滤为第一层过滤，主要过滤一些较大的颗粒物，像是残饵，粪便，等这些，主要用到的材料有过滤棉、生化棉、喷胶棉等，通常设置在过滤的初始端，便于定期清洗，更换；而生化过滤主要就是通过培养硝化细菌，分解有害物质，如氨、亚硝酸盐、硝酸盐等，主要用到的滤材有陶瓷环、生化球、玻璃环之类的，主要的作用就是为硝化细菌提供一个合适的繁殖环境；而化学过滤就是通过一些人工合成的化学药剂对水质有稳定、清除作用，常见的有水质安定剂，除藻剂等这些。
而在过滤系统的构成过程中，把出水口尽量安装在鱼缸的一头，而抽水口则在另外一头，而且入水口的网注意不要太高，要让入水口尽量接近缸底，这样一来的话出水口的水就会把污物冲到鱼缸的另一头。而入水网缩短了，越接近鱼缸的底部其吸力就大，这时候只要用小网把污物向入水口冲，就很容易吸走了。
鱼缸过滤器一直是鱼缸器材中很重要的一环，过滤系统的选择很重要，这直接关系着鱼缸生态系统是否平衡，观赏鱼能否健康成长下去的重要因素。
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