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过滤系统是水族箱中必备的设备。清楚地认识过滤设备、器材，如何将过滤系统稳定、使它发挥真正的做用常常是困惑新手鱼友的一大问题。
上部过滤器（上滤） ：架于鱼缸上部的过滤槽（盒），它是由沉水式水泵或离水式水泵来供水的，能过泻流口，让水回流到水族箱内，维护起来比较方便。但是对于水草缸不推荐用此种过滤器。同时也不推荐在繁殖缸、幼鱼缸中使用，这样会导致亲鱼受到惊吓、小鱼被吸入上滤。
沉水式过滤器：在沉水式水泵下方进水口处直接装上置有滤棉或深化棉的滤盒（桶）维护简便，过滤设备价格便宜。此种过滤系统是水族商们经常推荐的，因其兼有过滤及增氧效果。但是其实际效果没有那么理想。用的时间长了，对于鱼缸内的杂志清除效果不佳。
外置式过滤器（过滤桶）：桶状结构，水泵一般置于桶盖中，有IN和OUT两个管道，经由IN口管道从鱼缸中抽取水，在过滤桶内进行物理和生化过滤过程，再经由OUT口出水管流回鱼缸中，滤体较大，但清洗起来不便，建议大家半年左右清洗一次。 底部式过滤器：利用底砂砂层作为大体积的滤材(渗流滤层），通过铺设在砂层下的进水管道网，经由沉水水泵抽水，达到物理过滤及生化过滤的目地（原理类似于沉水式过滤器）因滤体较大，所以维护间格时间较长，但维护极为不便。效果不错，缺点是安装较麻烦，还有草缸无法使用，会照成底肥的严重流失。
溢流式过滤器：一般用于裸缸养大型鱼时采用（比如龙鱼、罗流鱼等），此种过滤系统在理论上讲可以免维护，但仍然需要人工来清理鱼缸底部的废物。此种过滤系统最大的缺点就是不美观、体积较大！但其生化过滤系统效果极佳！ 外挂式过滤器：外观一般为盒状，通常自带有水泵，一般用于中小或小型鱼缸使用，因体其积小、水流强度不高、不会占用缸内空间。维护方面比较方便。能常商家叫这为瀑布式过滤系统，效果不太理想，但是袖珍美观，一般推荐10升以下的水族箱使用。
气动式过滤：在此种过滤系统中比较有名的应该算是惠宏产的水妖精，原理是利用气举使水流入过滤体（生化棉、过滤棉）中，进行生物过滤过程。过滤效果还算可以，但是一般须要配合上滤等物理过滤系统使用。多用于小型的繁殖缸、孔雀、短鲷等较少量、小型的鱼缸内。
滴流与渗流：滴流式过滤，这种过滤系统多用于溢流式过滤器或上部式滴流盒，其主要特征在于滤材大部份暴露天空气里，滤材主要以陶瓷环、生化球、过滤棉为过滤材质，进行生化过滤过程，过滤仓内有流动空气，但无物理过滤的功能。渗流式过滤，滤材通常为滤棉、生化棉、底砂。主要的特征为滤材基本浸于水体之中，不与空气直接接触，起到物理过滤过程，但是在生化棉和底砂之间有较大的空隙，可为消化细菌提供良好的生存环境，也有一定的生化过滤能力。这两种过滤系统的过滤效果都很好，但也有缺点，滴流过滤需要在鱼缸上部占较大的一块空间，也不美观。
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